Berdasarkan Peraturan Daerah Nomor : 27 Tahun 2009, tentang Organisasi dan Tata kerja Lembaga Teknis Daerah Kabupaten Banyumas, susunan organisasi Badan Perencanaan Pembangunan Daerah Kabupaten Banyumas terdiri dari :
1. Kepala Badan;
2. Bagian Sekretaris, terdiri dari :
1). Sub Bagian Bina Program;
2). Sub Bagian Keuangan
3). Sub Bagian Umum;
3. Bidang Ekonomi, terdiri dari :
1). Sub Bidang Pengembangan Dunia Usaha;
2). Sub Bidang Pertanian dan Kehutanan;
4. Bidang Prasarana dan Pengembangan Wilayah, terdiri dari :
1). Sub Bidang Sumber Daya Alam dan Lingkungan Hidup;
2). Sub Bidang Pengembangan Wilayah;
5. Bidang Pemerintahan dan Kesejahteraan Sosial, terdiri dari :
1). Sub Bidang Pemerintahan dan Pemberdayaan Masyarakat;
2). Sub Bidang Kesejahteraan Sosial;
6. Bidang Penelitian Pengembangan dan statistik, terdiri dari :
1.) Sub Bidang Penelitian Pengembangan ;
2.) Sub Bidang Data dan Statistik.
7. UPT
8. Kelompok Jabatan Fungsional